Den Fatimidiska rörelsen har sitt ursprung i en Ismailitisk sekt i Salamiyah, i Syrien, och den åttonde imamen, Abdullāh ibn Muḥammad ibn Ismāʿīl. Genom fadern, den sjunde imamen, gjorde han anspråk på att härstamma från Ali, den förste Shiaimamen och Profeten Muhammeds dotter Fatima. Hans namn blev därmed "al-Fātimiyyūn".
Med tiden kom det Abbassidiska Kalifatet att se Ismailiterna som ett hot och deras lära som hädisk. En anhängare till den elfte imamen började sprida Ismailism i Nordafrika. Det slog speciallt an hos Berberbefolkningen i nuvarande Algeriet, och spred sig vidare därifrån över stora delar av Maghreb (nuvarande Algeriet, Tunisien och Libyen). Abdullah al-Mahdi Billah, den elfte imamen, flyttade sitt centrum från Salamiah i Syrien till Nordafrika och blev den förste härskaren, Imamen och Kalifen over den nya staten, och grundaren av den Fatimidiska Dynastin. År 921 etablerade de en huvudstad, Mahdia, i nuvarande Tunisien. År 948 bytte de huvudstad till al-Mansuriya, också i nuvarande Tunisien. Då de 969 erövrat Egypten, blev det snabbt centrum i det nya imperiet, och de grundade Cairo som ny huvudstad.
Dynastins Imamer/Kalifer
Abdullah al-Mahdi Billah (909-934). Dynastins grundare.
Abū l-Qāsim Muḥammad al-Qā'im bi-Amr Allāh (934–946).
Abū Ṭāhir Ismā'il al-Manṣūr bi-llāh (946–953).
Abū Tamīm Ma'add al-Mu'izz li-Dīn Allāh (953–975). Egypten erövrades 969.
Abū Manṣūr Nizār al-'Azīz bi-llāh (975–996).
Abū 'Alī al-Manṣūr al-Ḥākim bi-Amr Allāh (996–1021).
Abū'l-Ḥasan 'Alī al-Ẓāhir li-I'zāz Dīn Allāh (1021–1036).
Abū Tamīm Ma'add al-Mustanṣir bi-llāh (1036–1094).
al-Musta'lī bi-llāh (1094–1101). Dispyter om successionen ledde till Nizarischismen.
al-Āmir bi-Aḥkām Allāh (1101–1130). De Egyptiska Fatimidhärskarna efter honom erkänns inte som Imamer av alla Ismailiter.
'Abd al-Majīd al-Ḥāfiẓ (1130–1149).
al-Ẓāfir (1149–1154).
al-Fā'iz (1154–1160).
al-'Āḍid (1160–1171).
Ismailiterna har flera gånger förgrenat sig vid olika schismer, baserat på vilka imamer som erkänts. En gren, Nizari, räknar succession från Nizari, den äldste (genom en palatskupp i Egypten bortmanipulerade) sonen till al-Musta'lī bi-llāh (ovan). Den linjen fortlever alltjämt. Dess nuvarande representant är Shāh Karīmu-l-Ḥussaynī Āgā Khān IV.
Ett annat intressant faktum är att den Drusiska religionen indirekt härstammar från den sjätte Fatimidiske Kalifen, då Drusernas grundare, Ad-Darazi, 1080 deklarerade att Abū 'Alī al-Manṣūr al-Ḥākim bi-Amr Allāh var en inkarnation av Gud.